Những thành phần ưu tú trong xã hội Syria xem sự kiện đất nước sáp nhập với Ai Cập giống như một sự lựa chọn điều đỡ tệ hại hơn trong hai điều cùng tệ hại; họ tin các điều khoản do Nasser đặt ra là không công bằng, tuy nhiên họ không có sự lựa chọn nào khác do chính phủ đang phải gánh chịu sức ép khổng lồ. Dù vậy, mặc cho các quan ngại này, họ vẫn tin rằng Nasser sẽ dùng đảng Ba'ath làm phương tiện chính để kiểm soát Syria. Không may cho đảng này là Nasser chưa bao giờ có ý định chia sẻ quyền lực một cách công bằng. Ông lập ra hiến pháp lâm thời công bố 600 thành viên Quốc hội: gồm 400 thành viên từ Ai Cập và chỉ 200 thành viên từ Syria, đồng thời giải tán tất cả các đảng chính trị, bao gồm cả đảng Ba'ath. Nasser chỉ định bốn phó tổng thống, gồm Boghdadi và Abdel Hakim Amer cho Ai Cập và Sabri al-Assali và Akram El-Hourani cho Syria. Hiến pháp 1958 được thông qua.[10]

Mặc dù Nasser cho phép các cựu đảng viên Ba'ath được giữ các vị trí chính trị quan trọng nhưng những người này không bao giờ vươn lên các vị trí cao như người Ai Cập. Suốt hai mùa đông xuân hai năm 1959-1960, Nasser từ loại trừ người Syria khỏi các vị trí quan trọng có tầm ảnh hưởng, đơn cử ví dụ 7/13 vị trí trong Bộ Công nghiệp Syria thời đó là do người Ai Cập nắm giữ.

Tại Syria, ngày càng có nhiều sự chống đối liên minh với Ai Cập. Các quan chức quân đội Syria căm giận việc phải làm thuộc cấp của các quan chức người Ai Cập. Các bộ lạc người Bedouin ở Syria còn nhận tiền từ Ả Rập Xê Út với cam kết không trung thành với Nasser. Thêm vào đó, công cuộc cải cách ruộng đất kiểu Ai Cập gây oán hận trong lòng dân Syria do đã làm tổn hại nền nông nghiệp của họ. Lực lượng cộng sản bắt đầu thu hút thêm tầm ảnh hưởng, trong khi giới trí thức đảng Ba'ath từng ủng hộ liên minh Ai Cập-Syria thì nay phản đối hệ thống chính trị độc đảng. Nasser không tài nào đối phó được hết các vấn đề bởi Syria vẫn là mới mẻ đối với ông, và thay vì chỉ định người Syria lãnh đạo Syria thì ông lại giao trách nhiệm này cho Amer.[11]

Tại Ai Cập, tình hình có khả quan hơn. Tốc độ tăng tổng sản phẩm quốc dân đạt mức 4,5%; công nghiệp tăng trưởng mạnh. Năm 1960, tổng thống quốc hữu hóa báo chí Ai Cập và biến chúng thành cái loa truyên truyền của riêng ông.[12]